Im Jahre 1807 erwarb Erzherzog Johann Besitz in Thernberg im Süden von Niederösterreich. Er blieb über einundzwanzig Jahre Besitzer von Schloss und Herrschaft Thernberg. Hier führte er erste landwirtschaftliche Versuche durch, legte Versuchsgärten für den Obstbau an, und begann mit seinen umfangreichen Sammlungen, die später den Grundstock des Grazer Joanneums bildeten.

Er suchte als „Hanns von Österreich, der Thernberger“, die Geselligkeit in der „Wildensteiner Ritterschaft auf blauer Erde“ auf der Burg Seebenstein. Thernberg war für den Erzherzog in den Jahren 1810 bis 1820 auch ein Ort des Rückzugs, um militärische und politische Niederlagen zu verarbeiten und sich den Intrigen des Wiener Hofs zu entziehen, seine Gedanken zu sammeln und neue Ideen aufzugreifen.

1828 verkaufte er seinen Besitz in Thernberg wieder.