• Von der Leopoldinischen Universität Innsbruck wurde er zum beständigen Rektor (Rector magnificentissimus) erwählt.
  • Verleihung des Kommandeurkreuzes des militärischen Maria-Theresien-Ordens.
  • Verleihung des Großkreuzes des Maria-Theresien-Ordens.
  • 1815 wurde er zum Ehrenmitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften ernannt.
  • Am 4. Dezember 1815 wurde ihm das Ehrendoktorat der Universität (College) von Edinburgh verliehen.
  • Durch seine Leidenschaft zum Bergsteigen, etwa die versuchte Erstbesteigung des Großvenedigers, sind heute etwa die Erzherzog-Johann-Hütte (Adlersruhe) am Großglockner oder das Erzherzog-Johann-Kohlröschen (Nigritella archiducis-joannis), eine Orchidee der Bergwiesen, nach ihm benannt.
  • 1959 und 1982 waren ihm jeweils eine Steirische Landesausstellung gewidmet, wozu es auch je eine Briefmarke mit dem Abbild des Erzherzogs durch die Österreichische Post gegeben hat.
  • 1959 wurde eine 25 Schilling Silbergedenkmünze mit seinem Abbild geprägt.
  • An der Südseite der Paulskirche in Frankfurt/Main erinnert ein Denkmal an Erzherzog Johann als Reichsverweser.
  • 1994 wurde ein 100 Schilling Silbergedenkmünze mit seinem Abbild geprägt.
  • Den Namen Erzherzog Johanns tragen in der Steiermark zahlreiche Schulen, Straßen, Hotels und diverse kommerzielle Produkte.