Obwohl für die militärische Laufbahn bestimmt, entwickelte Johann schon früh vielseitige Interessen, insbesondere für Natur, Technik und Landwirtschaft, denen er auch während seiner militärischen Engagements nachging.

In den Koalitionskriegen war Johann Armeekommandant, dann Generaldirektor für das Genie- und Fortifikationswesen und der Theresianischen Militärakademie in Wiener Neustadt und ab 1836 auch Feldmarschall. Er verlor am 3. Dezember 1800 die Schlacht bei Hohenlinden und kämpfte 1805 gegen Franzosen und Bayern. 1808 organisierte er in Tirol und Innerösterreich die Landwehr für den Volkskrieg gegen Napoleon, förderte 1809 den Tiroler Freiheitskampf Andreas Hofers und übernahm den Oberbefehl über die Südarmee gegen Eugène de Beauharnais.

Auf seinen Befehl hin wurden 1809 die Festungen in Malborgeth durch Hauptmann Hensel, am Predil-Pass durch Hauptmann Hermannsdorf und der Grazer Schloßberg durch Major Hackher eisern verteidigt. Er siegte in der Schlacht von Sacile, wurde aber in der Schlacht von Györ geschlagen.

Nach dem Wiener Kongress leitete Johann noch die militärische Einschließung der Festungen im oberen Elsaß mit der Belagerung und Bestürmung der Vauban-Festung von Hüningen gegenüber von Basel, die sich nach elf Tagen Beschuss am 26. August 1815 zur großen Freude der Basler Bürger ergab.[9] Die Festung wurde danach auf Bitte der Basler Bürger geschleift. Seiner Tagebuchaufzeichnung vom 28. Juli 1815 ist sein Mitgefühl mit dem unterlegenen Feind und seine Kriegsmüdigkeit zu entnehmen:

„Möchte doch das ewige Kriegen einmal enden; welche herrliche Welt, wenn die Menschen sich Gutes täten ...“