Johann kam im September 1800 erstmals nach Tirol und damit begann (Zitat:) jene unveränderliche und unerschütterliche Liebe, welche diesem Land erwiesen und die von demselben treu erwidert wurde, ... und welche ich mit ins Grab nehmen werde. In Scharnitz lernte er den Freiherrn Josef von Hormayr kennen. Hormayr stand mit an der Spitze des späteren Tiroler Volksaufstands und im engsten Kontakt mit Andreas Hofer und mit dem Kaiserhaus in Wien. Ab 1805 organisierte Johann mit unumschränkter Vollmacht des Kaisers das Landesverteidigungswesen in Tirol. Nach dem Frieden von Preßburg am 26. Dezember 1805 musste Österreich allerdings Tirol und Vorarlberg an Bayern abtreten. Johann blieb aber weiterhin mit Hormayr in engstem Kontakt, der von Wien aus in Tirol einen Gebirgs- und Volkskrieg mit Andreas Hofer gegen die als schikanös empfundene bayrische Besatzung vorbereitete, der 1809 ausbrach und nach mehreren Schlachten mit einer Niederlage der Aufständischen und der standrechtlichen Erschießung Andreas Hofers endete.

1812 überzeugte Hormayr Johann von neuen Aufstandsideen. Im Alpenbund sollten alle Alpenländer zu einem Volksaufstand gegen Napoleon aufgerufen werden. Da sich das Kaiserreich Österreich nach dem Frieden von Schönbrunn unter der Führung von Kaiser Franz I. von Österreich und dem ab 1809 die Politik bestimmenden Metternich mit Napoleon gezwungenermaßen ausgesöhnt hatte und vorübergehend mit ihm verbündet war, mussten die Vorbereitungen für den Volksaufstand auch gegenüber dem Kaiserhaus geheim bleiben. Aber der Alpenbund wurde verraten und Johann als Möchtegern-König eines „Reiches Rätien“ denunziert. Hormayr wurde 1813 verhaftet und musste eine Festungshaft verbüßen. Dem Erzherzog Johann wurde von seinem Bruder, Kaiser Franz I. von Österreich, verboten, Tirol zu betreten. Dieses kaiserliche Verbot wurde erst 1833 aufgehoben.